木材と乾燥について、調べてみました.実に難しいが、面白いですね。
吉野杉は、「密植、多間伐、長伐期」が特徴と聞いています.密植により木目の詰んだ、50年程度の間伐材を柱材（芯持ち材）にしているのだと理解しています。手がかかっているため、他の産地より高いと思います.さらに、長伐期の太い木材(高価)から切り出す柾目の柱は非常に高価であると解釈しています。
飫肥杉は、密植しておらず、温暖多雨な気候から、成長が早く、目が広い、のびのび育った杉で、油分が多く、曲げやすいため、昔は、船の材料として有名であったと聞きました。35年程度の杉丸太から芯持ち材を製材していると理解しています。
都城貯木場の目の詰まった丸太の年輪が50年程度、目の粗い丸太の年輪が35年程度だったような。？
芯持ち材の利点は多い(コスト、強度、防虫など）ですが、欠点は、必ず割れが入る事にあります。芯持ち材と割れについて、以下が参考になりました。
http://www.doblog.com/weblog/myblog/33435?STYPE=1&KEY=73070
天然乾燥の方が、人工乾燥に比べてゆっくり乾燥するので割れが小さい(少ない)と思っていましたが、そんな単純な話では無いようです。以下のサイト参照にして考えてみました。
http://www.pref.ehime.jp/120yaw/350yaw-ringyo/00004772040525/mokuzai/tennnen/tenkan-6tennenkansou.htm
「スギの天然乾燥は、８月開始なら２カ月で２５％以下になるが、他の時期では初期含水率８０％以下でなければ難しい。また、３カ月経ってもバラツキが大きい。」
高温期（8月9月）の乾燥が速い。
「天然乾燥に伴う、スギの材面割れは、６月開始が最も損傷が少なかった。年間を通じて、いずれも貫通割れはなく、構造材のＪＡＳ品等評価による降級因子とはならなかった。」
始めちょろちょろ（6月：中温・多湿)、中ぱっぱ（8月：高温)が、割れない乾燥に適しているか。
乾燥の方法を工夫すると割れを小さくできると思われます。木材の内部から外周部への水分勾配を小さくする、内部から外部へスムースに水分放出させる様に乾燥させる事が重要と推定します。（人工乾燥でも、きっとそんな工夫をしているのでしょう)
芯持ち材が乾燥と共に割れるのは当然であり、割れている事が強度を上げた(乾燥した)証拠と考えます。
うちは大壁なので、割れが気になるのは、9本の柱だけです。(梁は、割れの入るところが、長辺の真中辺りと決まっています）それでも、見た目をちょっとは気にして、割れを起さない工夫を考えます。
（１）建てる時：木目の細かな木材を使う。
（２）建てた後：急激な乾燥をさせない住み方(部屋の使い方)をする。
クーラーや乾燥機を部屋でガンガンかけない。1年間くらいは、平衡水分量まで乾燥させるのに時間がかかるかな）